クプアス（Theobroma grandiflorum）はカカオに近縁なアマゾン果樹です。2023年のゲノム研究は、クプアスが野生近縁種クプイ（T. subincanum）から人為選択を受けて成立したdomesticated formであり、その歴史が完新世中期まで遡る可能性を示しました。
ただし、タイトルでよく使われる「8000年前から栽培されていた」は、考古遺物を直接年代測定した結果ではありません。現代集団のゲノムから推定したpopulation bottleneckの年代です。
クプアスはクプイから派生したdomesticated form
研究チームはブラジルの4地域からクプアスとクプイを収集し、RAD-seqを使ってpopulation genomic analysisを行いました。系統・集団構造の解析では、クプアスはクプイと近縁というだけでなく、クプイから派生したdomesticated lineageとして説明するのが最も整合的でした。
クプアスはクプイより大きな果実と種子を持ち、現在の分布も人間の居住地と関連します。
最初のbottleneckは約5347–7943年前
人口史推定では、クプアスで大きな遺伝的多様性低下が2段階検出されました。最初のbottleneckは約5347–7943 years before presentで、研究者はこれを初期domesticationと対応づけています。
最も早く分岐したクプアス系統とクプイの地理的関係から、起源候補はMiddle–Upper Rio Negro basin周辺と推定されました。ただしsampling範囲の制限があり、正確な地点を特定できるわけではありません。
2回目の多様性低下は約169年前
もう一つのbottleneckは約169年前と推定されました。これはクプアスが近代に分布域を広げた時期と整合し、古代の初期domesticationとは別の“第二段階”として解釈されています。
つまり、現在のクプアスの遺伝的構造にはpre-Columbian historyとmodern historyの両方が刻まれている可能性があります。
「純系化されたから多様性が低い」とは限らない
旧記事では自家受粉や純系化を主因のように書いていましたが、論文が直接示したのはpopulation bottleneckと遺伝的多様性低下です。どの繁殖方法・選抜操作がどの程度寄与したかまで特定したわけではありません。
domesticationでは人間による選択、少数個体の移動、地域間の繁殖制限など複数要因が多様性を減らします。
カカオより先に「栽培化された」と断定できるか
クプアスの初期bottleneck推定は5000–8000年前ですが、カカオについては少なくとも5200年前の利用を示すarchaeogenomic evidenceなど複数の証拠があります。
両者は証拠の種類と推定法が違うため、「クプアスがカカオより先に栽培化された」と単純な年表で断定するのは避けるべきです。
アマゾンは“手つかずの自然”だけではない
この研究の大きな意味は、クプアス1種の歴史だけではありません。アマゾンの現在の植物多様性と分布は、先住民社会による長期的な管理・選択の影響を受けています。2024年にはカカオのarchaeogenomicsやグアバのdomestication研究も進み、アマゾンを長期的なhuman–plant interactionの場として見る証拠が増えています。
クプアスは、熱帯林の生物多様性の一部であると同時に、人間の選択が数千年単位で植物集団へ刻まれた例でもあります。
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参考文献
- Colli-Silva M et al. Domestication of the Amazonian fruit tree cupuaçu may have stretched over the past 8000 years. Communications Earth & Environment. 2023;4:401. https://doi.org/10.1038/s43247-023-01066-z
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